Von Rudolf II. wurde das Gestüt im Jahre 1579 zum Hofgestüt erhoben. Dieses Datum gilt als offizielles Datum der Gründung des Nationalgestütes Kladruby nad Labem (Národní hřebčín Kladruby nad Labem). Das Gestüt in Kladruby zählt also zu den ältesten Gestüten Europas. In Kladruby wurden also Pferde für den Prager und Wiener Hof gezüchtet.
Der Kaiser ließ sich für seine häufigen Aufenthalte und für seine Gäste in dem Gestüt in Kladruby ein kleines Schloss erbauen.
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